ส่วนราชการระดับกรม

• สำนักงานรัฐมนตรี
• สำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
• สำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษา
• สำนักงานเลขาธิการสภาการศึกษา

องค์การมหาชน

แบ่งเป็นองค์การมหาชนที่จัดตั้งตามพระราชบัญญัติองค์การมหาชน พ.ศ. 2542 จำนวน 3 แห่ง และองค์การมหาชนที่จัดตั้งตามพระราชบัญญัติเฉพาะ จำนวน 3 แห่ง

• องค์การมหาชนตามพระราชบัญญัติองค์การมหาชน พ.ศ. 2542
  • โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์
  • สถาบันทดสอบทางการศึกษาแห่งชาติ (องค์การมหาชน)
  • สำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน)
• องค์การมหาชนตามพระราชบัญญัติเฉพาะ
  • คุรุสภา
  • สำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมสวัสดิการและสวัสดิภาพครูและบุคลากรทางการศึกษา (สกสค.)
  • สถาบันส่งเสริมการสอนวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (สสวท.)

หน่วยงานอื่น ๆ

• สถานีวิทยุศึกษา
• สถานีวิทยุโทรทัศน์เพื่อการศึกษา
• องค์การค้าของ สกสค.

หน่วยงานในอดีต

• กรมธรรมการ (หน่วยงานในสมัยที่เป็นกระทรวงธรรมการ)
• กรมศึกษาธิการ (หน่วยงานในสมัยที่เป็นกระทรวงธรรมการ)
• กรมมหาวิทยาลัย ต่อมายกฐานะเป็นทบวงมหาวิทยาลัย และสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา ปัจจุบันยุบรวมเข้ากับกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีและสำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ จัดตั้งเป็นกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม
• กรมวิชาการ ปัจจุบันลดฐานะเป็น สำนักวิชาการและมาตรฐานการศึกษา สังกัด สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
• กรมอาชีวศึกษา ปัจจุบันคือสำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษา
• สำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ (สปช.) ปัจจุบันถูกยุบรวมเข้ากับกรมสามัญศึกษา เป็น สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
• กรมสามัญศึกษา ปัจจุบันถูกยุบรวมเข้ากับสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ (สปช.) เป็นสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
• กรมวิสามัญศึกษา มีหน้าที่จัดการศึกษาตั้งแต่มัธยมศึกษาปีที่ 1-5 ภายหลังยุบรวมกับกรมสามัญศึกษา
• กรมการศึกษานอกโรงเรียน (กศน.) ภายหลังถูกยุบรวมเป็นสำนักงานบริหารงานการศึกษานอกโรงเรียน ปัจจุบันคือสำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ
• กรมการฝึกหัดครู
• กรมพลศึกษา ปัจจุบันย้ายไปสังกัดกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา
• วิทยาลัยเทคโนโลยีและอาชีวศึกษา ภายหลังเปลี่ยนเป็นสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล ปัจจุบันคือมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.) ปัจจุบันคือสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ
• สำนักงานคณะกรรมการข้าราชการครู (ก.ค.) ปัจจุบันคือสำนักงานคณะกรรมการข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา (ก.ค.ศ.) สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ
• สำนักงานสภาสถาบันราชภัฏ ปัจจุบันคือมหาวิทยาลัยราชภัฏทั้ง 39 แห่ง
• กรมการศาสนา เดิม ออกเป็น 2 ส่วน คือ กรมการศาสนาสังกัดกระทรวงวัฒนธรรม และสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ
• กรมศิลปากร ย้ายไปสังกัดกระทรวงวัฒนธรรม
• สำนักงานคณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติ เดิมคือกองวัฒนธรรมสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ ย้ายไปสังกัดกรมส่งเสริมวัฒนธรรมกระทรวงวัฒนธรรม
• สถาบันวิจัยจุฬาภรณ์ ปัจจุบันคือ ราชวิทยาลัยจุฬาภรณ์
• สถาบันระหว่างประเทศเพื่อการค้าและการพัฒนา (องค์การมหาชน) ย้ายไปสังกัดกระทรวงพาณิชย์